La zone agricole permanente de la ville représente une superficie de plus de 16 000 hectares, soit 73 % du territoire municipal.  Parmi les quatorze municipalités du Haut-Richelieu, dont treize sont considérées rurales (moins de 5 000 habitants), Saint-Jean-sur-Richelieu compte le plus grand nombre d’exploitations agricoles soit environ 130.

La qualité des terres environnantes, réputées les meilleures au Québec, n’est pas étrangère à la vocation des entreprises agricoles qui se spécialisent davantage dans les grandes cultures.  Peu des terres locales sont en friche et la presque totalité des sols est cultivée.

Sur le territoire de la ville, les fermes sont principalement orientées vers la production céréalière ou animale. La production végétale est essentiellement céréalière (maïs, soja, orge et blé), avec quelques entreprises spécialisées dans l’horticulture légumière, fruitière et ornementale. La culture végétale est le gagne-pain de près d'une centaine d'entreprises agricoles, alors qu’une trentaine sont spécialisées dans la production animale (laitier, porc, vache de boucherie, etc.). La production des produits du terroir (petits fruits, fromage, vin, etc.) est modeste proportionnellement à l’ensemble de la production, mais elle représente une partie importante en chiffres absolus pour la région. La majorité de la production est axée sur le marché extérieur, ce qui entraîne peu de transformation et de ventes locales.